Sert su, ısıtıldığında ve buharlaştırıldığında, su soğutmalı kondansatörün ısı eşanjörlerinin yüzeylerinde kireç birikintileri oluşturabilen yüksek konsantrasyonlarda kalsiyum, magnezyum ve diğer mineral tuzları içerir. Zamanla bu kireç, soğutucu su ile kondansatörün metal yüzeyleri arasında yalıtıcı bir bariyer görevi görerek ısı değişim verimini olumsuz etkiler. Kireç kalınlaştıkça, aynı soğutma etkisini elde etmek için daha fazla enerji gerekir; bu da sistem verimliliğinin azalmasına, işletme maliyetlerinin artmasına ve sistemdeki aşınmanın artmasına neden olur. Kireç oluşumu aynı zamanda kondansatör içindeki akış kapasitesinin azalmasına da yol açarak daha yüksek basınç ve sıcaklıklara neden olabilir. Bu etkilerle mücadele etmek için birçok su soğutmalı kondansatör, kalsiyum ve magnezyum iyonlarını gideren su yumuşatıcılar kullanır veya kireç oluşumunu engellemek için kireç önleyici kimyasallar kullanır.

Aşırı pH seviyelerine (çok asidik veya çok alkalin) sahip su kalitesi, sudaki metal bileşenlerin korozyonuna yol açabilir. su soğutmalı kondenser . Düşük pH'lı (asidik) su, metal yüzeylerin oksidasyonuna neden olarak paslanmaya ve kondenserin yapısal bütünlüğünün zayıflamasına neden olabilirken, yüksek pH'lı (alkali) su, metal yüzeyleri parçalayan alkali korozyona neden olabilir. Genellikle deniz suyunda veya endüstriyel soğutma suyunda bulunan klorürlerin varlığı, oyuklanma korozyonunu hızlandırarak lokal hasara neden olabilir. Korozyonu önlemek için suyun, hem asidik hem de alkali korozyonu önlemek için ideal olan, tipik olarak 7 ila 8,5 arasında olan optimum pH aralığını koruyacak şekilde arıtılması gerekir. Fosfatlar, çinko bileşikleri veya silikatlar gibi korozyon inhibitörleri, su kalitesinin tolere edilebilir sınırlar içinde olduğundan emin olmak için düzenli su testleriyle birlikte yaygın olarak kullanılır.

Tortu, kir veya diğer partikül madde içeren su kaynakları, su soğutmalı kondenserin borularında ve ısı eşanjör sistemlerinde tıkanmalara ve tıkanıklıklara yol açabilir. Bu katı parçacıklar suyun akışını engelleyerek suyun ısıyı yoğunlaştırıcıdan uzaklaştırma kapasitesini azaltabilir. Azalan akış, kondenser içindeki basıncı arttırır ve genel soğutma verimliliğini azaltır. Zamanla tortu birikmesi, iç bileşenlerde aşınmaya neden olabilir, bu da bakım ihtiyaçlarının ve arıza potansiyelinin daha da artmasına neden olabilir. Bu sorunları azaltmak için, büyük parçacıkların yoğunlaştırıcıya girmeden önce yakalanması için genellikle su giriş noktalarına filtreleme sistemleri veya süzgeçler kurulur. Bu sistemler, dahili bileşenlere zarar verebilecek veya performansı düşürebilecek kum, silt ve diğer askıdaki katı maddeleri ortadan kaldırmak için tasarlanmıştır.

Biyolojik kirlilik, bakteri, alg ve mantar gibi mikroorganizmalar kondansatörün ısı değişim yüzeylerinde biriktiğinde meydana gelir. Kontrol edilmediğinde bu mikroorganizmalar, ısı transferini önemli ölçüde bozan bir yalıtım katmanı görevi gören bir biyofilm oluşturabilir. Biyofilm aynı zamanda korozyonu ve tıkanmayı da teşvik ederek sistemin verimliliğini daha da azaltır. Biyolojik kirlenme, daha yüksek düzeyde organik madde içeren yüzey sularını (nehirler, göller veya deniz suyu) kullanan sistemlerde daha yaygındır. Alg büyümesi özellikle problemlidir çünkü su akışını engelleyebilir ve sistem azalan ısı transfer verimliliğini telafi ederken güç tüketiminin artmasına neden olabilir. Biyolojik kirlilikle mücadele etmek için su arıtma sistemleri genellikle mikroorganizmaları biyofilm oluşturmadan önce öldüren kimyasal biyositler (klor, brom veya bakır bazlı bileşikler gibi) içerir. Ultraviyole (UV) ışık tedavisi, mikrobiyal büyümeyi önlemeye yönelik başka bir çevre dostu seçenektir.